Новости: Исследователи из Центра Исследований кишечной микробиоты Гонконга обнаружили активную и длительную инфекцию вируса SARS-CoV-2 в желудочно-кишечном тракте (ЖКТ) людей с подтвержденным COVID-19.

Цель Хотя РНК коронавируса 2 (SARS-CoV-2) тяжелого острого респираторного синдрома была обнаружена в фекалиях пациентов с COVID-19, активность и инфекционность вируса в желудочно-кишечном тракте во время течения болезни в значительной степени неизвестны. Мы исследовали временную транскрипционную активность SARS-CoV-2 и ее связь с продольными изменениями фекального микробиома у пациентов с COVID-19.

Дизайн Мы выполнили секвенирование метагеномики РНК на серийных вирусных экстрактах фекалий 15 госпитализированных пациентов с COVID-19. Была произведена количественная оценка охвата секвенированием генома SARS-CoV-2. Мы оценили состав фекального микробиома и функциональность микробиома в сочетании с признаками инфекционности фекалий SARS-CoV-2.

Результаты Семь (46,7%) из 15 пациентов с COVID-19 имели положительный стул на SARS-CoV-2 по данным метагеномного секвенирования вирусной РНК. Даже при отсутствии проявлений со стороны желудочно-кишечного тракта все семь пациентов продемонстрировали поразительно более высокий охват (p = 0,0261) и плотность (p = 0,0094) 3 'против 5' конца генома SARS-CoV-2 в их фекальном вирусном метагеномном профиле. Фекальный вирусный метагеном трех пациентов продолжал демонстрировать активную сигнатуру вирусной инфекции (более высокий охват концов 3 'против 5') до 6 дней после очистки от SARS-CoV-2 из респираторных образцов. Образцы фекалий с признаками высокой инфекционности SARS-CoV-2 имели более высокое содержание видов бактерий Collinsella aerofaciens , Collinsella tanakaei , Streptococcus infantis , Morganella morganii.и более высокая функциональная способность для биосинтеза нуклеотидов de novo, биосинтеза аминокислот и гликолиза, в то время как образцы фекалий с признаками низкой или нулевой инфекционности SARS-CoV-2 имели более высокое содержание бактерий, продуцирующих короткоцепочечные жирные кислоты, Parabacteroides merdae , Bacteroides stercoris , Alistipes onderdonkii и бактерии Lachnospiraceae 1_1_57FAA .